Hola, pues dificilmente si tienes que enviar tantos correos no se te va a saturar el servidor, lo que puedes hacer, es enviarlos por cantidades y en intervalos, por ejemplo se me ocurre que podrias enviar primero los correos a los usuarios cuyo login empieze con "a" o "A", dejar pasar unos momentos y luego continuar con la "b" o "b", podrias ir guardando en un archivo donde se quedo para continuar despues.
Es sólo una idea y seguro que hay mas alternativas.
Saludos