Hola:
El objeto window de un iframe se obtiene con window.frames.elIframe (siendo elIframe el nombre que se le haya dado... también podrías referenciar el mismo por su índice... siguiendo la estructura del documento (DOM), detrás deberías poner document.documentElement... y ahí si que podrías aplicar el innerHTML (en explorer también podrías usar outerHTML)... y debes considerar que documentElement se corresponde con el tag html
Te paso el link de mi destripador:
Nuevo destripador.
Saludos