Hola,
de momento cuando mandas la ruta del fichero al php tienes que empezar con "public_html/" y luego seguir o sea ""public_html/files/uploads/archivo_a_borrar"
Luego tambiçen y aparte,puedes crear un fichero php llamarlo por ejempli info.php y poner el siguiente cçodigo para comprobar que las funciones de ftp esten disponibles:
Código PHP:
<?php
echo phpinfo();
?>
Y mirar que las opciones de ftp ponga ftp
FTP support enabled
Salu2