Buenas quizás sea una tontería, pero creo que deberias pasar el argumento del identificador de enlace en la
mysql_query():
Código:
mysql_query ( string query [, resource identificador_de_enlace] )
Abrir lo conexión con la base de datos cuando haces la consulta y no depender del último enlace abierto.
A ver si te sirve de algo.
Saludos.