ejecutar comandos desde java

[cris_maco]

creo que ya lo consegui, resulta que estaba confundida en saber en que directorio se ejecutaba la aplicacion y yo pense que era en el que me devolvia haciendo getServlet().getServletContext().getRealPath("/"), pero no es en el bin del Tomcat.
Poniendo ahi el bat va bien, pero la cosa se complica si quiero hacerlo desde otro sitio ya que he probado de todo cmd -c, cmd.exe /K, ... tanto con rutas absolutas como relativas y no consigo que funcione y creo que es por el Tomcat y su configuracion.
Asi que una preguntita cuando se hace cmd -c hace que se ejecute en el mismo directorio de la aplicacion o cambia a otro?en el caso de que cambie como puedo saber a donde?
porque asi hago un cd antes de ejecutar el .bat y elijo la ruta que quiero que tenga el .bat, porque ahora como lo tengo solo me funciona si esta en el directorio bin del Tomcat