Te recomiendo que metas dentro de una etiqueta form todos los checkbox principalmente por que asi los tienes agrupados y no tienes que montar ninguna cadena de QueryString para parametrizar el envio. Con el FORM te lo monta el propio navegador (tanto el POST como el GET):
<input type="checkbox" name="borrar" value="1" />
....
<input type="checkbox" name="borrar" value="999" />
Si lo pones dentro de un form te creará el querystring
borrar=1,2,4,77,88,89 (por ejemplo, si son esos los marcados)
Luego no tienes más que hacer un split(datosdelform,",") o usar el IN en una sentencia SQL. Como puedes ver es mucho más facil que hacerlo a mano. Pero es cuestion de prioridades y cosas asi
Un saludo