Bueno, aqui dejo el enlace con la parte que me esta dando problemas.
http://www.kibit.cl/ejemplos/html/problema/index_.html
Usando FF, IE7 u Opera las capas estan perfectamente "unidas", mientras que con IE6 se ven especios entre algunas capas...
Espero que ahora si alguien sepa que puede ser y como arreglarlo