Hola:
Haz un array para guardar los CheckBox
Código:
CheckBox [][] array = new CheckBox[15][15];
for (int i=0;i<15;i++)
for (int j=0;j<15;j++);
array[i][j] = new CheckBox (....);
Para meterlos en un panel, ponle un GridLayout
Código:
JPanel p = new JPanel();
p.setLayout(new GridLayout(15,15);
for (int i=0;i<15;i++)
for (int j=0;j<15;j++);
p.add(array[i][j]);
Se bueno.