Pero en qué momento y cómo haces la paginación?
Tu consulta es:
Código PHP:
$sql = "SELECT id,nombre FROM lista LIMIT 10,3";
Por lo que deduzco que en LIMIT 10, 3 va una variable que es definida según el número de página. Dependiendo de cada página será LIMIT 7,3; LIMIT 13,3; etc.. no? En tal caso, el usar ORDER BY
ANTES del LIMIT no debe causarte problemas:
Código PHP:
$sql = "SELECT id,nombre FROM lista ORDER BY id DESC LIMIT 10,3";
Un saludo,