En mi opinión y experiencia con el uso de direcciones relativas nunca he tenido inconvenientes al momento de la indexación.
En una época se decía al respecto que la técnica de utilizar direcciones absolutas favorecía en cuanto a que el motor de búsqueda indexe
http://www.dominio.com en lugar de
http://dominio.com
Particularmente, compruebo vía Google cuando un sitio nuevo está indexado
site:http://www.dominio.com
Y por resultado obtengo:
www.dominio.com/index.html
www.dominio.com/docuemnto.html
etc.
Por lo que el bot compone perfectamente la URL.
Por otro lado, no optimiza el rendimiento del contenido; por lo que a SEO se refiere, no quita ni agrega nada.
Cita: Estos enlaces son mas rapidos de escribir, ocupan menos espacio en codigo y mas rapido de ejecutar en el servidor,
Completamente de acuerdo
