Hola,
Bienvenido a Foros del Web.
No hay nada malo en esos registros MX. Sencillamente cPanel, por defecto, apunta el registro MX a dominio.com en lugar de a mail.dominio.com (algo que aún no he podido entender por qué lo hacen de ese modo).
En cuanto a los mensajes que llegan a la carpeta de correo no deseado, es un tema que ya se ha tratado anteriormente. Utiliza la opción de búsqueda (forosdelweb.com/search.php) o el campo que aparece en la cabecera.
Consulta con tu proveedor, pues pueden ser muchas cosas. Por ejemplo:
* La IP del servidor de correo no tiene configurado el registro rDNS.
* La IP del servidor de correo está en una o más listas negras (blacklists).
* El dominio no tiene correctamente configurado un registro SPF.
etc
Saludos,