Copiar un directorio y todos sus archivos conservando sus permisos:
cp -dpR /dir_origen /ruta/destino
o bien:
cp -a /dir_origen /ruta/destino
Copiar los archivos dentro de un directorio a otro conservando sus permisos:
cp -dP /dir_origen/* /ruta/dir_destino/
... o por lo menos eso es lo que entendí en el man
Saludos