¿Bueno aparte de subirlos por scp los subes por otro protocolo como ftp? Solamente para probar qué es lo que está pasando.
Aparte de esto cuando te logueas por scp prueba a escribir "ascii" así te subirá los archivos. Encontré un texto realmente interesante que seguro te quitará muchas dudas de la cabeza, ahí hablan de ftp pero en el caso de scp los comandos suelen ser iguales o si tienes dudas cuando te loguees y te aparezca el prompt "scp>" escribe help y te aparecerán los comandos disponibles.
http://www.websiterepairguy.com/articles/os/crlf.html
Saludos