Hola:
Parece que tu código es un poco antíguo, ya que los "layers" poco se usan hoy en día... pero la idiosincrácia (espero no tener que repetir la palabreja) del código es cambiar un enlace y una imagen en un tiempo determinado... y tan solo necesitas un par de líneas... y una inicialización distinta...
var mfBannerIndex = 0;
function tag(id) {return document.getElementById(id);}
function mfBannerChange() {
tag("enlace").href = mfBanners[++ mfBannerIndex][0];
tag("imagen").src = mfBanners[mfBannerIndex][1];
}
setInterval("mfBannerChange()", 2500);
...
<a href="http://www..com" id="enlace" ><img src="img/img-pro-1.jpg" id="imagen" alt="lo que sea" /></a>
Incluso no necesitas la capa con id="banner"...
Espero no haber cometido errores...
Saludos
