Claro que si puedes hacerlo en php, pero con mucho cuidado por que se aplica para las actualizaciones, ademas de eliminacion e insercion.
Pero lo correcto es hacerlo en el Servidor Web y dejar que el se encargue de eso y las instrucciones que te han dado puedes ejecutarlas directamente en la consola de Mysql o si usas el phpmyadmin no deberias tener ningun problema si intentas ejecutar el codigo como si fuera una consulta normal... Suerte y como comentario te agrego que esos detalles deberian solucionarse cuando disenas la Base de datos (lee sobre llaves foraneas o Foreign Keys en los manuales de SQL)...
http://www.google.com/search?q=forei...nt=iceweasel-a
/****************************/
FOREIGN KEY Establece que el contenido de esta columna será uno de los valores contenidos en una columna de otra tabla maestra. Esta columna marcada como clave ajena puede ser NULL. No hay límite en el número de claves ajenas. La clave ajena puede ser otra columna de la misma tabla. Se puede forzar que cuando una fila de la tabla maestra sea borrada, todas las filas de la tabla detalle cuya clave ajena coincida con la clave borrada se borren también. Esto se consigue añadiendo la coletilla ON DELETE CASCADE en la definición de la clave ajena.