caracter extraño al subir un fichero de Windows a Linux

[aeb_asturias]

Hola a todos. Tengo el siguiente problema:

Tengo un programa implementado en java que lo que hace es subir un fichero por SFTP a una maquina linux y luego lanza su ejecución (todo esto como veis de forma remota).

La cuestión es que si subo un fichero de una máquina Windows a una máquina linux (desde mi programa en java) me salen el dichoso caracter "M" al final de cada linea del fichero que he subido a la máquina linux.

Y claro, cuando se ejecuta el código script que contiene dicho fichero pues tengo problemas ya que si tiene cosas como:

echo "hola" > $HOME/fichero.txt

El fichero que se me crea con el contenido "hola" se llama "fichero.txt?" y no "fichero.txt". Ademas es curioso (por lo menos para mi) ya que convierte las "M" en "?" en este caso.


Hay alguna solución para esto??


Saludos y gracias de antemano.