A las buenas, te cuento un poco como lo he solucionado:
he creado una función javascript para poder solucionar tanto el problema de que aparezca el flash por encima del menú (Internet Explorer 7 y FireFox) como el problema de que aparezca el marco de activación (Internet Explorer 7). Deberás escribir dicha función entre las etiquetas <head> <script> </script> </head>
Código PHP:
function cargarSWF(direccion,ancho,alto){
document.write('<object classid="clsid:D27CDB6E-AE6D-11cf-96B8-444553540000" codebase="http://download.macromedia.com/pub/shockwave/cabs/flash/swflash.cab#version=7,0,19,0" width="'+ancho+'" height="'+alto+'">');
document.write('<param name="movie" value="'+direccion+'" /><param name="quality" value="high"><param name="menu" value="false" /><param name="wmode" value="transparent" /><embed src="'+direccion+'" quality="high" wmode=transparent pluginspage="http://www.macromedia.com/go/getflashplayer" type="application/x-shockwave-flash" width="'+ancho+'" height="'+alto+'"></embed><noembed> <div align="center">Su navegador no dipone de una versión apropiada de flash player. <br> Puede obtenerla gratuitamente <a href="http://www.adobe.com/es/products/flashplayer/">aqui </a> </div> </noembed></object>');
}
Espero haberte sido de ayuda. Un saludo