Despues de haber posteado una larga respuesta, encontre el problema.
El problema esta que el htaccess me imagino que no manda esos caracteres.
Código PHP:
RewriteRule ^categorias/([a-z_a-z]+)/([a-z_a-z]+)/([a-z_a-z]+) inicio.php?go=categorias&seccion=$1&sub=$2&preg=$3 [NC,L]
Quiero pensar que el NC o L, evitan que esos caracteres ("?") sean enviados o hay que agregar alguna función para que sean tomados en cuenta.
Espero alguien me pueda ayudar a la solucion del problema, he estado buscando en google pero no le encuentro.
Gracias.