El problema se te presenta debido a que tienes esa coma (,) al final del valor que concatenas en el while, si imprimes la sentencia (echo $sql;), te podras dar cuenta que esta siempre termina con coma, para solucionar este problema puedes hacer lo siguiente.
Código PHP:
$sql = "UPDATE configuracion SET ";
$resultado = mysql_query("SELECT * FROM configuracion", $conexion);
$total = mysql_num_rows($resultado); // obtenemos la cantidad de registros.
$i=0;
while($fila = mysql_fetch_array($resultado)){
$sql .= "$fila[propiedad] = '$_POST[$fila[propiedad]]'";
if($total!=$i){
$sql .= ", ";
}
$i++;
}
$consulta = mysql_query($sql, $conexion) or die("Ha ocurrido un error de MySQL.");
Esto hace que cuando la cantidad sea igual al contador no agregue la coma (ESO DEBIESE PASAR AL RESCATAR EL ULTIMO REGISTRO).
Si esto no te resulta debes ajustar la solucion a tus requerimientos, debido a que mas de alguna variable se me puede estar escapando ya que desconozco el funcionamiento completo de tu script y la esctructura de tus tablas).