Hola.
Pues lo mejor es que esten los 2 idiomas en el mismo dominio, si quieres puedes usar un subdominio diferente (es.midominio.com y en.midominio.com).
Luego usa las meta tags para indicar al google que existe la version en otro idioma.
Ahora mismo no recuerdo bien las metas, ni ganas de leermelo, asi que te dejo el enlace y te lo miras tu.
http://www.w3.org/TR/html401/struct/global.html#h-7.4.4
Byes