Hola.
En InDesign CS2, hay una opcion que se llama "InBooklet SE" en el menú FILE, esto te permite hacer cuadernillo al momento de imprimir o para hacer PDFs por Distiller.
Hay varias opciones para hacer cuadernillo, busca cual te acomoda a lo que quieres.
En CS3, hay menos opciones de cuadernillos.
Espero te ayude. Suerte.....
Kuviack.