Prioridad en URLs y Mod_Rewrite

[DarkJ]

Depende de como has hecho las reglas y condiciones. Todas las URLs pasan por las reglas de mod_rewrite, y si cumple la regla y sus condiciones, se realiza la sustitucion. Si en las condiciones no has hecho ninguna comprobacion de que no exista fisicamente, entonces acabara en index.php?...

No es cuestion de preferencias, es de escribir bien las reglas y condiciones.