Ahh! The_Haunted, para la insercion del log de movimientos puedes usar la misma condicion de busqueda.... es decir
Código:
--Para loguear a los empleados que estás insertando
Insert into TbLogMovimientos (Rut, TipoMovimiento)
SELECT Rut, 'Insercion'
FROM UsuariosTemporal
WHERE Rut NOT IN (SELECT Rut FROM usuarios)
--Para loguear a los empleados que estás actualizando
Insert into TbLogMovimientos (Rut, TipoMovimiento)
Select A.Rut, 'Actualización'
From Usuarios a
Inner Join Usuariostemporal x
On a.id = x.id
Where a.tucol1 <> x.tucol1 Or
a.tucol2 <> x.tucol2 Or
a.tucol3 <> x.tucol3
Saludos!