Esto esta en el log que posteaste al principio... perdón por no notarlo antes
Cita: WARNING: Your driver installation has been altered since it was initially
installed; this may happen, for example, if you have since installed
the NVIDIA driver through a mechanism other than nvidia-installer
(such as your distribution's native package management system).
nvidia-installer will attempt to uninstall as best it can. Please see
the file '/var/log/nvidia-installer.log' for details.
Creo que tu mejor apuesta sería deshabilitar el driver nuevo, instalar y desinstalar el driver nvidia-glx y ejecutar un # aptitude --purge para que elimine inclusive los ficheros de configuración. Asegurarte que no quede rastro de nada de Nvidia-glx en tu sistema y volver a correr la instalación del driver propietario.
No se como confirmar que los drivers se eliminaron completamente, pero creo que por ahi va la cosa, a lo mejor queda algo más que el simple fichero "." que menciona la ayuda de Ubuntu. Pero eso si lo encontrarás con San Google
