Si la ventana la has abierto tú antes, asignale un nombre de variable.
Por ejemplo,
Código HTML:
miVentana = window.open(url,nombre,propiedades);
y luego preguntar cada cierto tiempo por varMiVenta. Mientras exista seguirá abierta.
Código HTML:
if(!miVentana){
//la han cerrado
}
Un saludo,
eContento