La respuesta es que los .swf no pueden abrir archivos externos con la funcion bat,
solo lo pueden hacer los .Exe, Una vez hice eso y tenia el mismo p´roblema que tu , pero la solucion es ponerle el link desde flash, creas un texto con la herramienta text , en propiedades en la parte de abajo hay una barra para llenar un un ancla, bueno alli le, pones "nombre.pdf", y te abre el pdf como las websss,
ahora si deberia asalir todo bien.
Espero te sirva.
ATROXIDAD.