Hace un buen tiempo escribí
un manual en donde explico (en español) los conceptos básicos relacionados con la instalación de programas en distintas distribuciones de Linux. No es el mejor documento que se haya escrito en la historia, pero creo que te ayudará a entender un poco más acerca del tema y sin duda te ahorrará muchos problemas.
Por cierto, el manual está alojado en un wiki (gracias a AleSanchez), así que si quieres agregar/modificar/complementar algo, no dudes en hacerlo.