Cita:
Iniciado por scrolling 
Es que la estructura de los proyectos de gnu (que creo que son los que te crean las autotools), son un buen, y en cambio, el makefile solo es un archivo.
Yo tampoco las sé usar porque nunca he hecho un proyecto tan grande que necesite la estructura de las fuentes que se distribuyen de forma GPL.
Saludos!
No es necesario que sea un proyecto "tan grande" yo las aprendí a usar con proyectos muy sencillos...unos 5 o 6 archivos con 10 lineas cada uno...solo era un proyecto tonto para entender el funcionamiento de las herramientas, luego las comencé a usar en proyectos mas serios...
Saludos