Para calcular el tamaño de la carpeta podés usar una función foldersize como lo definen
acá, le sumás el
filesize que están subiendo y chequeas si excede el máximo o no.
Para borrar el archivo vas a necesitar permiso de escritura siempre... así funcionan los sistemas operativos... Lo que podés hacer es entrar con el programa FTP q usesy asignarle los permisos que quieras y darle permisos 0777 a la carpeta donde guardas los archivos para evitar que vuelva a suceder esto