Pop-up envia datos a ¿variables temporales?

[ralosoft]

Alguien podria recomendarme una manera de hacer lo siguiente:

La idea:

Tengo una ventana con un form "registro.php", esta tiene un enlace donde se abre un pop-up el cual se llama "opciones.php",este tiene 30 checkboxes, quiero hacer que al momento de darle en boton "aceptar" se cierre la ventana habiendo guardado los valores de cada checkbox, a modo de que si le vuelven a dar en el pop-up aparezcan las ya seleccionadas, relacionado esto con que cuando al formulario de la ventana principal se le de el submit, se graben los 1 y 0's dentro de una tabla especial para esos checkboxes.

Lo hecho en codigo:

Se seleccionan los checboxes deseados y se le da guardar lo cual mediante una funcion javascript mando una variable que contiene una cadena de caracteres (0,1,1,1,1,1,0,0,1,0....etc) a una pagina PHP "seleccion.php (como target ese mismo popup) ahi le hago un explode(",",$var) a la variable, obteniendo los valores separados en un array pero ahora como envio esos datos de vuelta a "registro.php" (formulario principal) para que pueda almacenar a la bd.

nota: no se podrian grabar en seleccion.php. por que dependen del guardado general del formulario ya que dependen de un folio pertenecientes a un registro.

Muchas gracias de antemano por cualquier sugerencia o solucion.