Creo que el problema lo tienes en la variable i del bucle. No creo que se mantenga dentro del evento onRollOver. Pero como el nombre de instancia es inamovible, yo partiría de ahí. Prueba esto con el primero de los dos códigos que has colgado aquí:
Código:
punto.onRollOver = function() {
var nombre:String = this._name;
var num:Number = nombre.substr(nombre.lastIndexOf('_')+1);
tooltip.rendimiento.text = 'Rendimiento: ' + valores[num] + '%';
...
Por probar que no quede. De todos modos, comprueba que la matriz valores es global y accesible desde el evento onRollOver.
Código:
punto.onRollOver = function() {
trace (valores);
...
Saludos!