Yo creo que cuando se refieren a Script se refieren a Javascript, ya que cuando interviene Javascript hay problemas con los Buscadores.
Con Php podrias perfectamente hacer un sistema de intercambio de enlaces Automatico que fuera de características iguales a uno manual, siempre y cuando, no contabilizaras los clicks, es decir, que tu php, lo que hiciera unicamente es imprimir algo del tipo:
Código:
<a href="http://www.undominio.com/>El mejor dominio</a>
Si la salida de tu php es esa, no tienen motivos para quejarse.
En cambio si la salida es:
Código:
<a href="http://www.tudominio.com/contabilizarClicks.php?Afilidado=1032">El mejor dominio</a>
Entonces la cosa cambia.
No se si lo he explicado bien
Espero que te haya ayudado.