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Iniciado por hispaweb 
aunque yo no dejaria de lado la opcion de las utilidades "command line" porque son mucho mas sencillas.......
aunque tengas que invocarlas desde php con "system()"
No puedes ejecutarlas con system, no son accesibles desde el usuario apache.
De todas formas tener en cuenta que en las nuevas versiones de Plesk cambia el nombre de esas utilidades, es necesario quitar el ".sh" del final, por ejemplo el comando "subdomain.sh" ahora es "subdomain"