¿Que versión del script estás usando? (lo puedes ver en la parte superior del código JavaScript"?. Acabo de probar con la versión
1.1.2 (que es la última versión estable) y los iframes no me dan ningún problema, el script funciona correctamente.
Puedes descargar la prueba que hice desde
Divshare, ahí verás que me funciona sin problemas.
Nota: el ejemplo estará disponible por 7 días para su descarga. Cualquier cosa, si lo prefieres puedes escribirme al mail que aparece en el código JS.