¿Revisaste que en todas las páginas la etiqueta SCRIPT con que llamas al archivo JS tenga habilitado el atributo DEFER? (de lo contrario no funcionará en IE).
Código:
<script type="text/javascript" src="js/embeddedcontent" defer="defer"></script>
Otra opción ¿te fijaste en los HTML que cargas en el IFRAME la ruta del JS se ala correcta?.
Lo pregunto porque hace un tiempo alguien tenía problemas con el JS y los IFRAMES (distinto a tu caso eso sí), pero el script funcionaba correctamente.