Exporta tus tablas en formato CVS (campos separados por comas) ...
En Mysql .. los importas como CVS y no tendras problemas ..
Tambien puedes usar algun gestor de BBDD tipo Mysql Front que entre otras cosas .. permite conectarse a tu servidor SQL server via ODBC y a una Mysql simultaneamente para hacer transacciones de BBDD completas y automatico.
Mysql Front
<a href='ir.asp?http://www.anse.de/mysqlfront/' target='_blank'>http://www.anse.de/mysqlfront/...</a>
Un saludo,