SidP, compilando sos vos mismo el que esta haciendo las cosas a tu manera, sin respetar los estandares de la distribucion que estas usando.
Seguí el consejo de lucifer e instalá Apache y MySQL y lo que necesites a traves del sistema de paquetes de Ubuntu.
Segui este tutorial:
http://www.howtoforge.com/perfect_setup_ubuntu704
Saludos.