Lo unico que tendrias que hacer es cambiar el puerto del Apache o del IIS, por defecto las peticiones web van en el puerto 80, asi que tendrias que cambiar el IIS o el Apache al puerto 81 y asi podrias trabajar con los dos de manera natural.
Otra cosa que puedes hacer es usar el mod_proxy de Apache para decirle que si las peticiones van a una carpeta ej:
http://localhost/asp/ las redireccione al puerto 81 de IIS.
Como sea ambas opciones trabajan bien.
Saludos.
PD Muevo tu tema a Servidores Web ya que ahi te podran dar mayor asesoria.