Cita:
Iniciado por MinervaH 
Es difícil, casi imposible, detectar esos ficheros. Lo mejor que puedes hacer, y no es poco, es mantener tus scripts actualizados, incluidos módulos o plugins, antes o después a todos se les descubren vulnerabilidades y problemas de seguridad.
Y hay alguna forma de ver los últimos archivos subidos al VPS en general?