Hola cribelo...
Si es lo que creo que pienso, así no mas:
Código:
select count(*) from tu_tabla where id_User=='1' and id_Empresa=='2'
Esa consulta te arrojaría un numero, que puede ser (0, cero) osea que no encontró y mayor que (0,cero), te arrojaría la cantidad de registros que cumplirían esa condición.
Espero te sirva,
Saludos