Si la aplicacion es multiusuario en el servidor solo deberia estar la base de datos y la aplicacion se instala en la maquina de los usuario (asi es como lo trabajamos en la empresa que estoy).
Si la aplicacion va a estar solo en un computador (el del usuario) puedes crear un instalador que incluya la base de datos y el sql server express para que se instale todo en un solo conjunto.
Dale una busqueda al foro que ya e explicado esto en varios post.
Saludos
