Lo recomendado por la
W3C para el layout es divs, osea, contenedores en los cuales metes el contenido. Los divs (junto con todos los otros elementos html) son entonces se manipulan con CSS para lograr la presentación final. El propósito de esto es la separación del contenido y la presentación.
No es que las tablas no tengan su lugar. Las tablas son usadas para acomodar 'información tabular', la cual se organiza en lineas y columnas.