Ejecutar system() o exec() y permisos

[MinervaH]

No, no hace falta instalarlo. Si PHPSuexec está instalado, o lo instalas, tus scripts correrán con tu usuario, si no lo está con el usuario con el que esté instalado Apache, nobody o httpd, depende de la distribución de Linux o del panel de control que tengas.

Si tus scripts están bien programados no deberían suponer un riesgo de seguridad, procura hacerlos lo más seguros posible, busca en Internet información sobre PHP y seguridad, hay mucha información. Aquí también hay un subforo sobre PHP, puedes mirar si se ha tratado este tema antes o publicar allí un mensaje pidiendo opiniones.

También deberías comprobar que las funciones que necesites usar, system() o exec() no estén deshabilitadas en la configuración de PHP en el servidor. Por tu mensaje no me queda claro si tienes tu propio servidor o hosting en algún proveedor de hosting.