Ejecutar system() o exec() y permisos

[CodesMaster]

Buenas,
Estoy intentando hacer unos paneles en PHP para gobernar segun que programas desde web. Entonces, las funciones basicas que me interesarian seria el de encender y apagar de los programas, en un servidor dedicado lo que diriamos que es ./PROGRAMA . Desde PHP podemos hacerlo con la funcion system() o exec() .

Entonces mi pregunta es, yo el script de PHP donde lo hago lo meto en /var/www para que apache lo ejecute y yo desde una URL pueda controlarlo remotamente desde donde quiera. Pero ese Script se ejecuta como root? o con que permisos ejecuta ese comando en cocnreto? ( En el caso de que ese programa que quiera ejecutar este en /home/programa)

Lo que quiero saber con esto hasta que punto puede ser perjudicial para mi seguridad, y si tengo que poner algun tipo de permisos especiales para poderlo ejecutar ya que hasta la fecha no se me ejecuta jeje.