Hola:
Hay 3 ventanas modales que son alert, confirm y prompt, y no creo que te refieres a ellas... luego explorer tiene sus propias ventanas modales (como siempre con su "filosofía"), y son realmente ventanas, pero no son recomendables porque dejas fuera a los usuarios de otros navegadores... lo que he visto en tu enlace no se trata de ventanas sino de capas, y en una capa no hay problemas con los formularios, posiblemente tu formulario tenga algo mal.
Saludos
