Código PHP:
list($DiaFechNac, $MesFechNac, $AnoFechNac) = explode("/",$_POST['TxtFecNacAF']);
list($DiaFechNov, $MesFechNov, $AnoFechNov) = explode("/",$_POST['TxtFecNovedad']);
if (intval($AnoFechNov . $MesFechNov . $DiaFechNov) < intval($AnoFechNac . $MesFechNac . $DiaFechNac)) {
// ...
}
Ahí podés comparar la fecha como enteros, en formato AAAAMMDD para ver cual es más grande...
Igualmente tenés el código javascript es incorrecto (faltaría un "alert" o algo así), y la última pregunta no la entiendo :S