no, para nada es un problema, le mandas todo en .html si quieres, el se encargara de pasar las plantillas a .php, pero a mi entender solo tienes que mandar las plantillas de cada seccion del sitio, a ver si me explico mejor, el index de tu sitio tendria una plantilla, digamos de tres columnas, ahora, un ejemplo, la seccion de noticias tendria dos columnas, una de un menu y la otra mas ancha donde muestras cierta cantidad de titulares, y por ultimo una plantilla donde muestras la noticia al detalle, de una sola columna, en este caso las tres plantillas tendrian el mismo header y footer (que tambien puede variar dependiendo de la seccion, claro) y si la cosa es asi de cencilla como dices, ves, con tres plantillas que le mandes ya, claro adapta esto a tu gusto como diseñador, a lo mejor solo con dos plantillas matasel gallo, o a lo mejor te hacen falta mas de tres plantillas.
saludos y suerte en tu proyecto
