bueno, creo que eso tambien depende del programador y del diseño que le entregues, te puedo hablar de como lo haria yo, si me entregas el diseño, asi sea en una imagen jpg, yo lo cojo y lo desarmo en pedasos, y luego hago modulos con todo eso, y los voy llamando con includes segun sean las plantillas (layouts) para cada seccion del sitio, mas o menos asi