Hola,
en ese listado tipo FTP que dices, de todos modos no pueden bajar tu PHP porque el servidor HTTP de todas formas los va a interpretar antes de enviarlos (a menos que esté mal configurado el servidor). Si quieres una conexión segura al enviar tus archivos, puedes pedir a tu proveedor de hospedaje acceso SSH, que seguramente es más caro que los paquetes convencionales pero que es también más costeable que el Zend Guard.
saludos
