Lo primero es comprobar que el dominio problematico esta registrado, y en ese "registro" aparecen correctamente la lista de servidores DNS que se supone que deberian ser:
puedes hacer la consulta aqui:
www.betterwhois.com
Ahi te aparecerán los datos del dominio.
Supongamos que el resultado es este:
ns1.miweb.com 123.123.123.1
ns2.miweb.com 123.123.123.2
Ahora, vamos a comprobar si esas maquinas estan bien
En tu ordenador: inicio -> Ejecutar nslookup, y le das a enter ;)
Se abrirá una ventana negra, ahi escribes: ns1.miweb.com ,pueden ocurrir 3 cosas
1) que no se pueda resolver el nombre "ns1.miweb.com", eso significa que ese servidor DNS no está bien registrado (Glue record)
2) que la direccion ip que te devuelva no sea la correcta, en este ejemplo deberia ser 123.123.123.1
3) que el nombre "ns1.miweb.com" se resuelva correctamente.
En los dos primeros casos, ya habrias descubierto el error. En el tercer caso...
Dentro de la ventana de nslookup que hemos abierto antes... escribe:
server ns1.miweb.com
y le das a enter.
Ahora vamos a comprobar si el servidor DNS está bien configurado
escribe ahora:
www.midominioquefalla.com
pueden ocurrir varias cosas:
1) que te de un error de timeout. Lo típico en este caso es que el servidor ns1.miweb.com no esté ejecutando el "servicio" de nombres, o que haya un cortafuegos que deniegue esa conexion
2) que te de un error de que no existe el nombre. En este caso el problema es que el servidor ns1.miweb.com no tiene configurada la zona "midominioquefalla.com"
3) que la direccion ip que te devuelva NO corresponda con la IP del servidor que aloja "midominioquefalla.com", en este caso... tendrian que configurar correctamente ese servidor
4) que la direccion ip que te devuelva sea la correcta.
...con esto ya tienes para empezar a buscar el problema
Un saludo.